神秘的绿色生物小软,并发现小软在被神秘的邪恶组织追捕。之后一行人与三平再会,了解到了小智和甲贺忍蛙之间的神秘现象,小智的甲贺忍蛙可以短暂地变身为类似小智的样子,并且还会和小智共享五感,柚丽嘉将其命名为小智版甲贺忍蛙(日文︰サトシゲッコウガ,英文︰Ash-Greninja)。在接下来的旅途中,小智遇到实力强大并学会了超级进化的训练家艾岚。艾岚在对战中击败了小智,并对小智和甲贺忍蛙间的奇妙现象很感兴趣。小智在特训后再次与艾岚进行了对战,这次他和艾岚在战斗中已经不相上下,但因为共享五感的关系,在战斗的最后小智体力不支而昏了过去。在梦中,小智梦到了甲贺忍蛙离开了他。
在接下来的旅途中,小智一行人从卡露妮处了解到想要捕捉小软的组织闪焰队正在进行某种秘密的实验,这个穿着红衣的秘密组织想利用传说的宝可梦基格尔德的力量进行某种破坏行动。而在卡露妮了解到小智和甲贺忍蛙间的现象时,她也要求和小智进行一战来测试小智的实力。尽管小智的甲贺忍蛙和卡露妮的沙奈朵旗鼓相当,但小智总是会在牵绊现象出现后因为虚脱而昏迷。继续旅行的小智与翔太再次相遇,翔太告诉小智自己和之前相比已经有所进步,便提议和小智进行一场三对三的对战,小智答应了。然而没想到,小智在对战中意外地被翔太逼入绝境,而且甲贺忍蛙的牵绊形态也无法成功发动,导致小智最终输掉了对战。经过这一战,小智开始怀疑自己的能力。雪上加霜的是,他的信心不久后又再次被映雪市道馆馆主得抚所击毁,小智不仅没能拿下徽章,甲贺忍蛙也在战斗中被打得满身是伤。小智难过地看着在疗伤的甲贺忍蛙,独自离开宝可梦中心来到雪夜中的丛林。
因为担心小智,莎莉娜独自前往森林去寻找游荡中的小智,但是沮丧中的小智开始迁怒莎莉娜,让她十分生气。临走前,莎莉娜向小智脸上扔了几个雪球并表达了自己的失望,她告诉小智他现在这种自暴自弃的行为完全和他童年时勇敢的身影相反。莎莉娜离开后,小智对自己怒吼使自己清醒,正当他想回到宝可梦中心时,暴风雪突然降临。小智和一群野生宝可梦找到了一棵空树干来躲避暴风雪,这让他回忆起了自己童年时在森林中和宝可梦相拥躲避雷雨的经历。在小智看到了洞外有一群粉蝶蛹没能及时赶到洞里时,他便立刻着手去营救它们,但却因为意外和粉蝶蛹一起滑下悬崖。这时甲贺忍蛙及时赶到并救下了小智,但是粉蝶蛹还是没被救上来,然后立刻与小智触发了牵绊形态并拯救了跌落中的粉蝶
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