第15章 手到擒来

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“莱维特先生你好，我是这次科幻新星赛金奖得主，也是你的粉丝。”

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鹅厂帮他安排的是在莱维特入住酒店的会议室见面，除了他们两还有郭伟陪同，莱维特笑着和陈元光握手道：“你好，我也很喜欢你的作品，它很有意思。

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里面很多对未来的推演都很有意思。”

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陈元光说：“这大概是因为我对科学比较关注，对前沿技术很关注，所以能做出一些有意思的成绩来吧。

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先生，这次我见你，主要是有一篇论文想请你指正，我构建了一种计算机模拟的方法，来对蛋白质的定向进化进行模拟。

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这种方法仅需要利用蛋白质物理化学的特征和序列信息，就能够实现蛋白质定向进化的模拟。

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我选择的研究对象是蛋白质dhr8，通过计算机模拟，让它进化出有结合dna或者rna的能力。

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在模拟进化之前，我先对序列多样性与结合核酸的情况，去构建了一个包含30个五肽重复蛋白的评估库。

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五肽重复蛋白是经过证实的rna结合蛋白，它的结合位点很清晰，已经被系统表征。

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这样一来我评估库中的每一个ppr都会具备两个明确的结合位点，我们以每个结合位点为中心，将长度为13个氨基酸的短序列作为一个评估窗口，这样的话它一共会有60个评估窗口。

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对于每一个评估窗口的短序列，我们利用现成数据库中的544个描述氨基酸的物理化学性质的指标来表示氨基酸，因此，每一个位点的氨基酸就会是一个544x1的矩阵，十三个这样的矩阵合并用以表示一个长度为13的肽段序列。

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对于一个评估窗口的544x13矩阵，我对k-means++算法进行了优化，然后用优化后的算法进行聚类，将544个行向量聚

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