拿破仑要求大团长费迪南德·冯·霍姆佩施·祖·博尔海姆(Ferdinand von Hompesch zu Bolheim)允许他的舰船进入港口,补给水和物资。
大团长回复说,每次只能允许两艘外国船只进入港口。
拿破仑意识到这一程序将耗费时间,令他的军队暴露在英国海军上将霍雷肖·纳尔逊(Admiral Horatio Nelson)面前,于是立即下令对马耳他发起炮击。
法国士兵于6月11日早晨在七个登陆点登陆马耳他并发动攻击。
经过数小时的激烈战斗,西部的马耳他人被迫投降。
拿破仑与堡垒首都瓦莱塔(Valletta)展开谈判。
面对远远强于自己的法国军队和西马耳他的失守,大团长同意投降。
霍姆佩施于6月18日离开马耳他前往的里雅斯特(Trieste)。
他于1799年7月6日辞去大团长职务。
骑士们虽然分散,但骑士团依然以减弱的形式存在,并与欧洲各国政府谈判,寻求在德意志中介化过程中重新获得权力。
俄罗斯皇帝保罗一世(Paul I)为最多骑士提供了在圣彼得堡(Saint Petersburg)的庇护,这一举动催生了俄罗斯的骑士医院传统,以及骑士团在俄罗斯帝国骑士团中的认可。
在圣彼得堡的难民骑士们选举保罗沙皇为他们的大团长,这使得他成为霍姆佩施大团长的竞争对手,直到霍姆佩施退位,使保罗成为唯一的大团长。
保罗一世除了天主教大优先区外,还创建了一个“俄罗斯大优先区”,其下有不低于118个指挥部,规模庞大且向所有基督徒开放。
然而,保罗作为大团长的选举从未在天主教教规下得到确认,他实际上是骑士团的事实上的大团长,而非法理上的。
到19世纪初,骑士团因失去在欧洲的优先区而严重削弱。
骑士团收入的仅10%来自传统的欧洲来源,其余90%由俄罗斯大优先区生成,直到1810年。
这部分体现在1805年至1879年间,骑士团的治理由副官而非大团长负责,直到教皇利奥十三世(Pope Leo XIII)恢复了大团长职务。
这标志着骑士团作为人道主义和宗教组织的复兴。
1806年9月19日,瑞典政府向骑士团提供了哥特兰岛(Go
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